L’école doctorale ES regroupe 23 unités de recherche (11 à l’université de Bourgogne, 9 à l’université de Franche-Comté).
Un premier ensemble de laboratoires a un dénominateur commun qui peut être identifié dans l’étude de l’Environnement (sens large), un second ensemble de laboratoires regroupant les acteurs impliqués dans la recherche en Santé. Les sciences de l’environnement incluent l’écologie générale, l’évolution, la géologie, la climatologie, les sciences du comportement, l’agro-écologie et les sciences de l’aliment, alors que les sciences de la santé incluent toutes les disciplines liées à la santé humaine et la nutrition.