Le conseil d’administration détermine la politique d’UBFC et veille à sa mise en œuvre.
Le conseil académique rassemble 79 membres. Il se réunit en moyenne toutes les six semaines. Progressivement le conseil académique s’est structuré en commissions et sessions restreintes aux enseignants-chercheurs, pour instruire des dossiers inhérents aux compétences d’UBFC (HDR, Doctorats, Masters, Crédits récurrents de recherche, pôles thématiques, etc.).
C’est une particularité des COMUE. Il est composé d’un représentant de chaque établissement membre.
Le congrès réunit au moins une fois par an le conseil d’administration, le conseil académique, le conseil des membres et le bureau.